Năm 445, trong bữa tiệc để tiễn hoàng đệ Lưu Nghĩa Quý đi nhậm chức thứ sử Nam Duyện Châu (南兗州, nay là trung bộ Giang Tô), Văn Đế lệnh cho các con trai không được ăn cho đến khi bữa tối được dọn ra, song cố ý để bữa ăn tối được dọn ra muộn khiến cho các con trai của ông bị đói, và rồi ông bảo với họ rằng, "Các con lớn lên trong một gia đình giàu có và không thấy những người dân nghèo. Trẫm dự định rằng việc để các con hiểu được sự đau khổ của việc bị đói sẽ khiến các con học được cách sống thanh đạm và quan tâm đến người dân." Việc này nói chung được các sử gia khen ngợi, song có một số người như Bùi Tử Dã (裴子野), người viết dẫn giải của Tống thư, lại cho rằng điều này là giả nhân giả nghĩa vì Văn Đế phong chức vụ cao cho các con ngay từ khi họ còn trẻ trong khi họ vẫn chưa được đào tạo thích hợp.

Sau bữa tiệc đó, một âm mưu bị cáo buộc có liên quan đến viên quan Phạm Diệp bị phơi bày, theo như cáo buộc thì Phạm Diệp âm mưu cùng với cháu trai là Tạ Tống (謝綜) và cựu Tán kỵ thị lang Khổng Hy Tiên (孔熙先) để ám sát Văn Đế vào tiệc tiễn Lưu Nghĩa Quý và sau đó lập Lưu Nghĩa Khang làm hoàng đế. Một trong các chủ mưu là cháu trai của Văn Đế tên là Từ Trạm Chi (徐湛之), sau khi nỗ lực ám sát thất bại hắn thông báo cho các đồng mưu khác, và ngoại trừ Từ Trạm Chi thì tất cả những kẻ chủ mưu khác đều bị hành quyết. (Sử gia Vương Minh Thịnh (王鳴盛) thì cho rằng đây là một cáo buộc sai trái, và tin rằng Phạm Diệp là nạn nhân của những lời vua cáo đến từ Từ, Dữu Bỉnh Chi (庾炳之) và Hà Thượng Chi.) Sau đó, Lưu Nghĩa Khang bị tước danh hiệu của mình và bị giáng làm thứ dân, và cũng bị quản thúc tại gia. (Một số người khác sau đó lại âm mưu đưa Lưu Nghĩa Khang lên ngôi, và đến năm 451, lo sợ rằng một âm mưu như vậy sẽ lại diễn ra trong lúc Bắc Ngụy xâm chiếm, Văn Đế bội ước lời hứa với hoàng tỉ Hội Kê Trưởng công chúa Lưu Hưng Đệ khi giết chết Lưu Nghĩa Khang.)

Năm 446, khi Bắc Ngụy phải đối mặt với một cuộc nổi loạn đến từ tộc Hung Nô do Cái Ngô (蓋吳) lãnh đạo, Văn Đế ban tước công và chức tướng cho Cái Ngô, song trên thực tế không cung cấp hỗ trợ quân sự cho Cái Ngô. Tuy nhiên, việc này chọc tức Bắc Ngụy Thái Vũ Đế, và sau khi Bắc Ngụy đàn áp được cuộc nổi loạn của Cái Ngô, mối quan hệ giữa hai triều trở nên xấu đi, đặc biệt là trong bối cảnh quân Bắc Ngụy tiến hành tấn công vào các châu Thanh (青州, nay là trung bộ và đông bộ Sơn Đông), Ký (冀州, nay là tây bắc bộ Sơn Đông), và Duyện (兗州, nay là tây bộ Sơn Đông) cũng trong năm đó.

Năm 449, Văn Đế chuẩn bị một chiến dịch thứ hai để khôi phục lại quyền kiểm soát đối với các châu Hà Nam, và nhiều bá quan văn võ gửi kế hoạch tác chiến, và trong đó kế hoạch của tướng Vương Huyền Mô (王玄謨) được Văn Đế đặc biệt tán đồng. Để chuẩn bị, Văn Đế di chuyển quân đồn trú và nguồn cung nhu yếu phẩm từ các châu nội địa đến các châu biên giới. Tuy nhiên, trước khi ông có thể mở chiến dịch, Bắc Ngụy Thái Vũ Đế tiến hành xâm lược vào mùa xuân năm 450, quân Bắc Ngụy bao vây Huyền Hồ (懸瓠, nay thuộc Trú Mã Điếm, Hà Nam) trong 42 ngày, và sau đó cả hai bên đều thiệt hại nặng, Thái Vũ Đế rút lui khi chưa chiếm được Huyền Hồ. Điều này khiến cho Văn Đế tin rằng sức mạnh quân sự của Bắc Ngụy bị suy yếu, và ông quyết định khởi động cuộc tấn công của mình vào năm 450, bất chấp phản đối của Lưu Khang Tổ (懸瓠) [người này cho rằng nên bắt đầu chiến dịch vào mùa xuân năm 451], Thẩm Khánh Chi (沈慶之) [người này phát biểu rằng Lưu Tống chưa ở trong trạng thái thích hợp để lao vào một cuộc chiến với Bắc Ngụy], Tiêu Tư Thoại, và Thái tử Thiệu.

Quân Lưu Tống dưới quyền chỉ huy của Tiêu Bân (蕭斌) và Vương Huyền Mô nhanh chóng chiếm được Nghiêu Ngao và Lạc An (樂安, nay thuộc Đường Sơn, Hà Bắc) do quân Bắc Ngụy bỏ hai thành này, quân Lưu Tống sau đó bao vây Hoạt Đài. Người Hán xung quanh Hoạt Đài ban đầu sẵn sàng ủng hộ chiến dịch của Lưu Tống, song Vương Huyền Mô ra lệnh cho họ phải nộp một lượng lớn quả lê, khiến dân chúng trở nên tức giận và quay sang chống lại Lưu Tống. Quân Lưu Tống do đó không thể nhanh chóng chiếm được Hoạt Đài. Đến mùa đông năm 450, Thái Vũ Đế vượt qua Hoàng Hà, quân của Vương tan rã và Vương buộc phải chạy về Nghiêu Ngao. Tiêu Bân vẫn dự định sẽ phòng thủ Nghiêu Ngao chống lại cuộc tấn công của Bắc Ngụy, song Thẩm Khánh Chi thuyết phục Tiêu Bân rằng đó là hành động vô ích, và bất chấp việc Văn Đế có lệnh bảo vệ Nghiêu Ngao, Tiêu Ban dẫn đại quân quay trở lại Lịch Thành (歷城, nay thuộc Tế Nam, Sơn Đông) để bảo tồn lực lượng. Trong khi đó, do thất bại của Vương Huyền Mô ở Hoạt Đài nên mặc dù tướng Liễu Văn Cảnh (柳文景) có thể chiếm được Đồng quan ở phía tây và đe dọa vùng Quan Trung của Bắc Ngụy, Văn Đế quyết định triệu hồi Liễu và do đó cũng từ bỏ các tiến bộ đạt được ở phía tây.

Để trả đũa cuộc tấn công của Lưu Tống, Thái Vũ Đế phát động một cuộc tấn công toàn lực chống lại các châu phía bắc của Lưu Tống. Cháu trai của Thái Vũ Đế là Thác Bạt Nhân (拓拔仁) nhanh chóng chiếm được Huyền Hồ và Hạng Thành (項城, nay thuộc Chu Khẩu, Hà Nam) và cướp phá trên đường đến Thọ Dương. Thái Vũ Đế tiến đến Bành Thành, song không thể vây hãm thành vì nó quá vững chắc; thay vào đó, ông ta tiến về phía nam, tuyên bố rằng sẽ vượt Trường Giang và phá hủy kinh thành Kiến Khang của Lưu Tống. Cả đại quân của Thái Vũ Đế và các đạo quân nhánh mà ông cử đi đều tiến hành tàn sát và đốt phá nghiêm trọng, khiến cho vùng Hoài Hà của Lưu Tống trở nên hoang tàn. Khoảng tết năm 451, Thái Vũ Đế đến Qua Bộ (瓜步, nay thuộc Nam Kinh, Giang Tô), đối diện với Kiến Khang qua Trường Giang, song vào lúc này Thái Vũ Đế lại đề xuất về vấn đề thông hôn, theo đó thì nếu Văn Đế gả một con gái của mình cho cháu nội của Thái Vũ Đế, Thái Vũ Đế sẽ sẵn lòng gả một con gái cho một con trai của Văn Đế là Lưu Tuấn (người khi đó đang trấn thủ Bành Thành), để thiết lập hòa bình lâu dài. Thái tử Thiệu ủng hộ đề xuất này, song Giang Đam (江湛) lại phản đối, và đề xuất thông hôn không được Lưu Tống chấp thuận. Vào mùa xuân năm 451, lo ngại rằng quân lính của mình quá căng thẳng và sẽ bị quân Lưu Tống đồn trú tại Bành Thành và Thục Dương tấn công ở phía sau, Thái Vũ Đế bắt đầu rút quân. Trên đường hành quân, do bị tướng Tang Chí (臧質) của Lưu Tống xúc phạm nên Thái Vũ Đế cho bao vây Hu Dị (盱眙, nay thuộc Hoài An, Giang Tô), và sau khi cả hai bên chịu thấy bại nặng nề, quân Bắc Ngụy nhanh chóng rút lui. Chiến dịch này làm suy yếu cả hai đế chế và chứng minh sự tàn ác của Thái Vũ Đế. Sử gia Tư Mã Quang quy các thất bại quân sự của Văn Đế cho phong cách chỉ huy của ông:

Mỗi lần [Văn] Đế cử tướng ra trận chiến, ông yêu cầu họ phải thực hiện theo kế hoạch tác chiến hoàn chỉnh mà ông soạn sẵn, và thậm chí cả ngày tháng tiến hành các trận chiến cũng cần có sự chấp thuận từ hoàng đế. Do đó, các tướng đều do dự và không thể đưa ra quyết định độc lập. Hơn nữa, những binh lính phi thường trực bị gọi nhập ngũ không được đào tạo, và họ xông lên ồ ạt khi chiến thắng và chạy toán loạn khi bị đánh bại. Đây là hai lý do vì sao ông thất bại, và từ thời điểm này trở đi, quốc gia ở trong tình trạng suy thoái, và sự cai trị của Nguyên Gia đang suy sụp.

Như một sử gia khác là Thẩm Ước chỉ ra, Văn Đế noi theo kế sách quân sự của Hán Quang Vũ Đế, song thiếu khả năng chỉ huy quân đội giống như Hán Quang Vũ Đế, và do đó không thể soạn thảo các kế hoạch đúng theo cách mà Quang Vũ Đế thực hiện.

Năm 452, sau khi hay tin rằng Bắc Ngụy Thái Vũ Đế bị một hoạn quan tên là Tông Ái (宗愛) ám sát, Văn Đế chuẩn bị cho một chiến dịch mới, giao cho tướng Tiêu Hi Hoa cầm quân, song vẫn không nhận ra rằng cách quản lý vi mô của mình góp phần rất lớn vào các thất bại trước đây. Nhưng sau khi cánh quân do Trương Vĩnh (張永) chỉ huy bị thất bại tại Kiều Áo, ông từ bỏ chiến dịch.

Trong khi đó, bản thân Văn Đế phải đối mặt với một cuộc khủng hoảng trong hoàng tộc. Ông khám phá ra rằng Thái tử Thiệu và một người con trai khác là Thủy Hưng vương Lưu Tuấn (có Hán tự khác với Lưu Tuấn đề cập ở trên), bí mật thuê pháp sư tên là Nghiêm Đạo Dục (嚴道育) để yểm cho Văn Đế chết [để cho Thái tử Thiệu có thể đăng cơ]. Văn Đế mặc dù tức giận song chỉ khiến trách mạnh mẽ các con trai và không dự định có các hành động trừng phạt hơn nữa. Tuy nhiên, đến năm 453, hy vọng các con trai sẽ tự sửa đổi bản thân của Văn Đế tan vỡ khi ông phát hiện ra họ vẫn tiếp tục liên kết với Nghiêm Đạo Dục ngay cả sau khi bị trách mắng. Do đó, Văn Đế thảo luận với các đại thần cao cấp gồm Từ Đam Chi, Giang Đam, và Vương Tăng Xước (王僧綽) về kế hoạch phế truất Thái tử Thiệu và buộc Lưu Tuấn phải tự vẫn. Tuy nhiên, ông mắc phải sai lầm khi thảo luận về các kế hoạch với mẹ của Lưu Tuấn là Phan thục nghi, và Phan thục nghi nhanh chóng thông tin cho Lưu Tuấn, Tuấn lại báo cho Thái tử Thiệu. Ngày Giáp Tý tháng 2 năm Quý Tị (16 tháng 3 năm 453), Thái tử Thiệu tiến hành chính biến, cử cận binh của mình siết chặt hoàng cung và cử thân tín là Trương Siêu Chi (張超之) ám sát Văn Đế. Khi Trương Siêu Chi vào phòng ngủ của Văn Đế với một thanh kiếm, các cận binh của Văn Đế đang ngủ, và Văn Đế cố gắng giữ một chiến bàn nhỏ để chống trả Trương Siêu Chi. Tuy nhiên, nhát kiếm đầu tiên của Trương cắt đứt các ngón tay của Văn Đế, và nhát kiếm sau đó giết chết Văn Đế. Sau một số rối loạn, Lưu Thiệu cũng giết chết Từ Đam Chi và Giang Đam, rồi vu cáo rằng Từ và Giang ám sát Văn Đế. Lưu Thiệu sau đó đăng cơ, song cũng trong năm đó ông ta bị đánh bại rồi bị giết dưới tay một hoàng đệ khác là Vũ Lăng vương Lưu Tuấn (có Hán tự khác với Lưu Tuấn liên minh với Lưu Thiệu), Lưu Tuấn lên ngôi, tức là Hiếu Vũ Đế.

Lưu Thiệu ban đầu truy thụy hiệu cho cha là Cảnh Đế (景帝) và truy miếu hiệu là Trung Tông (中宗). Sau khi Hiếu Vũ Đế đăng cơ, đổi thụy hiệu thành Văn Đế và đổi miếu hiệu thành Thái Tổ (太祖).